En 1994 se destapaba la figura de un escalador puro. En uno de los Giros más bonitos que se recuerdan, se descubría a Marco Pantani que se colaba en la clasificación final entre Evgeni Berzin y Miguel Induráin, ganando dos etapas de montaña. También tuvo una gran actuación en el Tour, donde fue tercero.
En 1995 también se impone en dos etapas del Tour pero un terrible accidente al final de la temporada pone en duda su continuidad en el deporte. Vuelve año y medio después y tras abandonar en el Giro tras otra caída, retoma su nivel en el Tour donde vuelve a ganar dos etapas y es tercero en París.
1998 es su gran año. Está intratable. Nadie puede seguirle cuando demarra en la montaña. A pesar de que ni el Giro ni el Tour son excesivamente montañosos, su superioridad es aplastante y consigue el doblete, ganando ambas carreras, gesta que tendrá que esperar 26 años hasta que se repita. Además, su victoria del Tour supone la vuelta a lo más alto del pódium de un italiano 33 años después del triunfo de Felice Gimondi. Italia idolatra a Marco, apodado "Il pirata".
Parece que su reinado se prolonga al año siguiente cuando gana 4 etapas en el Giro, incluida la mítica del Santuario di Oropa, donde supera uno a uno a todo el pelotón tras haber sufrido una pequeña avería a pie de puerto. Pero a dos días del final salta la bomba: el control antidopaje arroja valores anómalos de hematocrito y ahí empieza su caída, su depresión y sus adicciones. A pesar de algunos destellos, nunca volverá a ser el mismo y, en extrañas circunstancias, su vida se apaga el 14 de febrero de 2004.